O mosteiro de San Martiño Pinario destinou durante séculos importantes recursos ás esmolas e prestou especial atención aos camiñantes que chegaban ás súas portas, aos que proporcionaba medicinas e coidados. A existencia da súa botica está documentada, cando menos, desde finais do século XVI. Nun primeiro momento atendía as necesidades da comunidade monástica e, posiblemente, dos peregrinos e enfermos pobres; en 1648 abriu ao público en xeral.
Tras a exclaustración dos monxes en 1835, a botica continuou funcionando en mans particulares. En 1883, o local foi adquirido para o Seminario polo cardeal Payá, aínda que a actividade se mantivo durante algúns anos máis. A partir de 1890 pérdense as noticias que permiten confirmar a súa continuidade.
O mobiliario conservado reflicte distintas etapas da historia da botica. O conxunto máis destacado é o formado polas caixoneiras e estantes de estilo neoclásico, realizados en caoba, castiñeiro e cerdeira e relacionados coas reformas efectuadas a comezos do século XIX. Xunto a este mobiliario consérvase tamén unha caixoneira barroca, probablemente realizada entre 1705 e 1709 en madeira de castiñeiro, vinculada a unha fase anterior de ampliación e acondicionamento das dependencias da botica.
Entre o botame conservado, maioritariamente identificado co escudo do mosteiro, destacan dezasete albarelos de tipo talaverano, datados entre finais do século XVII e comezos do XVIII. O conxunto complétase con copas, orzas de cerámica vidrada, frascos de vidro, redomas e conserveiras, adquiridos en boa parte probablemente a comezos do século XIX.