Coa contratación do arquitecto portugués Mateo Lopes, con motivo da renovación do mosteiro de San Martiño Pinario, iníciase o 25 de xullo de 1590 a construción dunha igrexa ex novo. O actual Oratorio de San Filipe Neri foi concibido polo arquitecto como sancristía dentro do devandito conxunto, aínda que posteriormente foi reformado por Bartolomé Fernández Lechuga con motivo da construción do claustro. Baixo unha bóveda casetonada decorada coa presenza dos reis de Israel, a sala mantén a tipoloxía renacentista propia das sancristías. Conservou esta función ata 1740, cando se culminou a nova sancristía proxectada por frei Gabriel de Casas.

Nos anos posteriores a 1740 e ata a exclaustración dos monxes de San Martiño en 1835, descoñécese a función exacta que desempeñou este espazo, aínda que é posible que pasase a funcionar como sala capitular da comunidade. Coa chegada do Seminario Conciliar, transformouse no actual Oratorio de San Filipe Neri. As pezas aquí expostas forman parte do patrimonio artístico e devocional do mosteiro de San Martiño Pinario. Reunidas neste espazo, remiten a prácticas de devoción persoal, estreitamente vinculadas coa vida cotiá da comunidade monástica