Os dous órganos barrocos están situados fronte a fronte sobre o coro de Mateo de Prado, detrás do altar maior. As súas caixas destacan pola gran capacidade de adaptación a un espazo complexo, limitado pola tribuna inferior e pola curva da bóveda.
Foron construídos en 1731 polo mestre tudense frei Manuel Rodríguez Carbajal. As caixas foron deseñadas por Fernando de Casas e Novoa e realizadas polo taller de Miguel de Romay. Aínda que son moi semellantes, un deles ten maior potencia e posibilidades musicais, polo que se empregaría nas celebracións máis solemnes, mentres o outro tería un uso máis habitual.
A decoración das súas caixas é moi rica, con motivos vexetais, cabezas de nenos en relevo e anxos músicos, atribuídos estes últimos á escola de Xosé Gambino. Os grandes tubos de madeira, revestidos de chumbo, presentan máscaras policromadas nas bocas.
A pesar do seu esplendor, os instrumentos sufriron graves danos durante a invasión napoleónica e a posterior exclaustración, chegando a perder aproximadamente o 95 % da cañutería.
O órgano menor, do século XIX, foi deseñado e construído polo organista compostelán Mariano Tafall. En tempos do Seminario Conciliar, foi reformado e incorporado ao órgano barroco para ampliar as súas posibilidades musicais, especialmente os rexistros expresivos.